بیماری خودایمنی (به انگلیسی: Autoimmune disease) به دستهای از بیماریها گفته میشود که بر اثر خودایمنی ایجاد شوند. بیماری خودایمنی هنگامی رخ میدهد که دستگاه ایمنی بدن به اشتباه حمله به خود بدن را آغاز میکند بیماریهای خودایمنی میتوانند اندامها و بافتهایی از جمله گلبولهای سرخ خون، عروق خونی، غده تیروئید، لوزالمعده، عضلات، مفاصل و پوست را درگیر کنند.
دانشمندان یک واکنش زنجیرهای را شناسایی کردهاند که سبب می شود بدن ما بتواند در مقابل سلولهای سالم مقاومت کند. یافتهی اخیر احتمالا نوع نگرش ما به بیماریهای خودایمنی و شیوهی درمان آنها را تغییر خواهد داد. سلولهای B (گروهی از گلبولهای سفید خون که عضو لنفوسیتها هستند) غیر طبیعی. بهطور معمول این سلولها پادتن تولید میکنند و سلولهای ایمنی را برای حمله به آنتیژنهای ناخواسته (یا اجسام خارجی) برنامهریزی میکنند؛ اما پژوهشگران در سلولهای B موشها کلیدی را یافتهاند که موجب بر هم خوردن این رفتار و موجب آغاز حملههای خودایمنی میشود. پاسخ ایمنی علیه پروتئینهای خود بدن یا آنتیژنها دقیقا شبیه حالتی است که بدن در مقابل یک عامل بیماریزای خارجی پاسخ میدهد.